ปี2018 เกิดสงครามแบ่งแยกตัวออกเป็นเอกราชจากบริททาเนีย Code Geass R2 ในสงครามพลเมืองต่อต้าน ครั้งนี้ถูกเรียกว่า”Black Rebellion” แต่ผลลับของสงครามครั้งนี้คือความพ่ายแพ้ของ เหล่า “ภาคีอัศวินดำ ” และ “Zero” ก็หายสาบสูญ โดยบริททาเนียลงความเห็นว่า “ได้เสียชีวิตระหว่างการรบแล้ว” 1 ปีต่อมา ปี 2019 ผู้ก่อการร้ายที่นาม “Zero” ที่น่าจะตายไปแล้วปรากฏตัวขึ้นและประกาศสร้าง “สหพันธญี่ปุ่น” อีกครั้งใน Area11 บริททาเนียจึงพยายามทำทุกวิถีทางเพื่อจับกุมตัวซีโร่