หลังจากโลกดิจิตอล สงบสุขได้ด้วยเหล่าดิจิมอนกับเด็กที่ถูกเลือก 3 ปี ต่อมาในปีปี ค.ศ. 2002 ดิจิมอนไกเซอร์ ได้ออกก่อกวนโลกดิจิตอลจนปั่นป่วน ทำให้โลกดิจิตอลต้องหาเด็กที่ถูกเลือกอีกครั้ง เพื่อช่วยกันทำให้โลกดิจิตอลกลับมาเป็นดังเดิม